一次隔離(一級屏障)：在操作危險微生物的場所，把危險微生物與操作者隔離開，目的是為了防止操作人員被感染。

 二次隔離(二級屏障) ：為了防止病原體從潔凈實驗室漏到外部環境中去，把實驗室和外界隔離的措施。目的是為了防止潔凈實驗室外的人員被感染。

氣流控制：對不同區域的室內靜壓以及相鄰房間之間的壓差進行嚴格控制，目的是為了控制空氣流向，讓空氣從清潔區流向緩沖間流向污染區。 人流控制 ：進入：人員出入口→實驗室控制走廊→一次更衣室→緩沖間→緩沖走廊→緩沖間(二次更衣間)→實驗室。出來：實驗室→緩沖間(二次更衣間)→緩沖走廊→緩沖間→一次更衣室(淋浴)→實驗室控制走廊→人員出入口。 潔物控制：潔物入口→潔物電梯→實驗室內走廊→實驗室 污物控制：實驗室→室內高壓滅菌鍋→雙門高壓滅菌器→傳遞窗→實驗區污物走廊→污物電梯→地下污物儲藏間→污物電梯→一層污物出口→實驗污物垃圾站

BSL-3潔凈實驗室室內要求：溫度：18-27℃；濕度：30-60％；潔凈度：7級；照度：500Lx；最低照度350Lx；室內靜壓值：潔凈實驗室相對大氣為負壓，污染區與清潔區的壓差為40Pa；室內壓力梯度：相鄰區域的壓力梯度為10Pa，噪聲≤60dB